Các hoạt động của con người tiếp tục là mối đe dọa lớn nhất và duy nhất đối với các rạn san hô trong các đại dương của Trái Đất. Cụ thể, sự ô nhiễm và lạm dụng nghề cá là những mối đe dọa nghiêm trọng nhất đối với các hệ sinh thái này. Sự phá hoại về vật lý đối với các rạn san hô so giao thông hàng hải gây ra cũng là một vấn đề. Ngành kinh doanh hải sản tươi sống đã được xem là một nguyên nhân của sự suy thoái do việc sử dụng xyanua và các hóa chất khác khi đánh bắt các loài cá nhỏ. Cuối cùng, nhiệt độ nước cao hơn bình thường do các hiện tượng khí hậu như El Niño và sự ấm lên toàn cầu có thể làm san hô bạc màu. Theo The Nature Conservancy, nếu sự phá hủy tăng lên theo tốc độ hiện hành, 70% các rạn san hô trên thế giới sẽ biến mất trong vòng 50 năm tới. Sự mất mát này sẽ là một thảm họa kinh tế đối với những đất nước ở vùng nhiệt đới. Hughes, (2003), viết rằng "với dân số thế giới ngày càng tăng và các hệ thống vận tải và lưu trữ ngày càng phát triển, ảnh hưởng của con người đối với các rạn san hô sẽ có quy mô tăng theo cấp lũy thừa."[9]

Hiện nay, các nhà nghiên cứu đang tìm hiểu mức độ ảnh hưởng của các nhân tố khác nhau đối với các hệ thống rạn san hô. Có nhiều nhân tố, trong đó có vai trò của các đại dương như chìm lún điôxít cacbon, các thay đổi trong khí quyển Trái Đất, tia cực tím, sự axít hóa đại dương, virus sinh học, ảnh hưởng của bão cát, các chất ô nhiễm khác nhau, ảnh hưởng của sự bùng nổ tảo v.v.

Phát triển và ô nhiễm đất

Sự phát triển nhanh nhưng được quản lý kém trên đất liền có thể đe dọa sự sống sót của các rạn san hô. Trong 20 năm trở lại đây, những khu rừng đước lớn, hấp thu những lượng lớn dinh dưỡng và trầm tích từ nước thải nông nghiệp và các công trình xây dựng, đang bị phá hủy. Nước giàu dinh dưỡng gây ra sự phát triển quá nhanh của tảo và phiêu thực vật tại các vùng biển ven bờ, được gọi là sự bùng nổ tảo. Các rạn san hô là các cấu trúc sinh học phù hợp với những vùng nước dinh dưỡng thấp, và sự gia tăng dinh dưỡng trong nước làm mất cân bằng của các cộng đồng rạn san hô. Sự phá hủy của rừng đước cũng như sự giảm diện tích các vùng đất ngập mặt đều được xem là các nhân tố quan trọng ảnh hưởng đến chất lượng nước tại các rạn san hô ngoài biển.[10]

Người ta còn thấy rằng chất lượng nước thấp làm tăng sự lan tràn của các bệnh truyền nhiễm giữa các loài san hô.[11]

Đồng, một chất thải công nghiệp thường gặp, can thiệp vào vòng đời và sự phát triển của các polip san hô.[12]

Kinh doanh cá cảnh

Thú chơi cá cảnh nước mặn đã trở nên ngày càng phổ biến trên thế giới kể từ thập kỳ 1990. Sản phẩm chính của ngành công nghiệp cá cảnh là cá. Cá cảnh được yêu cầu trên thị trường thường là các loại nhiều màu sắc và có thể nuôi trong bể, đặc điểm sau quan trọng nhất.

Tuy một số loài cá (chẳng hạn Pomacentridae) có thể nuôi và cho sinh sản trong bể, 95% cá cảnh thương mại được khai thác trực tiếp từ môi trường san hô. Việc sưu tầm cá ở rạn san hô, đặc biệt ở Đông Nam Á (Indonesia và Philippines), đã gây ra những thiệt hại lớn đối với môi trường. Tình trạng nghèo trong các cộng đồng nghề cá là chất xúc tác chính cho việc đánh cá bằng xyanua. Ở những nơi như Philippines, nơi xyanua được thường xuyên sử dụng để bắt sống cá cảnh, phần trăm dân số sống dưới mức nghèo là 40%.[13] Tại những nước đang phát triển này, một ngư dân có thể dùng đến những phương cách như vậy để giữ cho gia đình mình khỏi bị đói.

Khoảng 80–90% cá cảnh được xuất khẩu từ Philippines được bắt bằng xyanua natri. Chất hóa học này tan trong nước biển và thâm nhập nơi trú ngụ của cá. Cá nhanh chóng bị ảnh hưởng của chất gây mê và bị bắt dễ dàng. Tuy nhiên, hầu hết cá bị bắt do xyanua chết trong vòng vài tháng sau khi bị bắt do tổn thương gan. Hơn nữa, các loài cá khác không được thị trường cá cảnh quan tâm nhưng sống vùng bị thả chất độc cũng bị chết.[14]

Đánh cá bằng thuốc nổ

Đánh cá bằng thuốc nổ là một phương pháp có tính hủy diệt khác mà ngư dân sử dụng để đánh bắt cá nhỏ. Những thanh đinamit, lựu đạn, hoặc thuốc nổ tự chế được châm ngòi hoặc kích hoạt rồi ném xuống nước. Vụ nổ gây chấn động dưới nước, làm nội tạng cá bị vỡ nát và cá chết gần như ngay lập tức. Người ta thường cho nổ lần thứ hai để giết các con cá ăn mồi lớn hơn bị thu hút bởi xác những con cá nhỏ bị chết do vụ nổ đầu. Phương pháp đánh bắt này không chỉ giết cá trong khu vực nổ chính, là còn lấy đi sự sống của nhiều sinh vật khác tại rạn san hô, những sinh vật không phải mục tiêu đánh bắt. Ngoài ra, nhiều xác cá không nổi lên mặt nước để được vớt mà chìm xuống đáy biển. Vụ nổ còn giết cả san hô trong khu vực, tiêu diệt chính cấu trúc của rạn, phá hủy nơi cư trú cho cá và các động vật quan trọng khác có tầm quan trọng đối với việc bảo tồn một rạn san hô mạnh khỏe. Những vùng từng phủ đầy san hô trở thành hoang mạc đầy vụn san hô, cá chết, và không còn gì khác sau cuộc đánh cá bằng thuốc nổ. Kiểu đánh cá này đã làm cho nhiều loài cá bắt đầu quá trình tuyệt chủng.

Bạc màu

Nhiệt độ cao của nước biển bề mặt cộng với mức độ bức xạ cao (nhiều ánh sáng) gây ra tổn thất cho zooxanthallae, một loại tảo cộng sinh cung cấp 95% năng lượng cho san hô chủ. Hậu quả là san hô bị mất lớp sắc tố (bạc màu).

Hiện tượng thời tiết El Niño trong những năm 1998 và 2004 đã làm nhiệt độ nước biển bề mặt tăng cao so với mức bình thường. Nhiều rạn san hô nhiệt đới đã bị bạc màu hoặc chết. Người ta đã nhận thấy sự phục hồi tại một số địa điểm hẻo lánh, nhưng trong tương lai, tình trạng ấm lên toàn cầu có thể đảo ngược lại sự phục hồi này.

Axít hóa đại dương

Sự giảm độ pH của nước biển bề mặt là mối đe đọa lâu dài và ngày càng tăng đối với các rạn san hô.[15]Lượng khí CO2 trong không khí tăng làm tăng lượng CO2 hòa tan trong nước biển.[16] Điôxít cacbon tan trong các đại dương phản ứng với nước và tạo thành axít cacbonic, gây ra sự axít hóa đại dương. Người ta ước tính rằng độ pH mặt biển đã giảm từ 8,25 xuống 8,14 kể từ khi thời đại công nghiệp bắt đầu,[17]. Trong điều kiện bình thường, các điều kiện cho việc tạo cacbonat canxi ổn định tại vùng nước bề mặt, do ion cacbonat ở trạng thái bão hòa. Tuy nhiên, khi độ pH giảm, mật độ của ion này cũng giảm theo, và khi cacbonat trở nên không còn bão hòa, các cấu trúc tạo bởi canxi cacbonat sẽ có nguy cơ bị hòa tan. Nghiên cứu đã cho thấy rằng quá trình tạo canxi của san hô bị giảm hoặc sự hòa tan canxi bị tăng lên khi san hô phải chịu lượng CO2 tăng[18].

Bùng nổ bụi từ châu Á và châu Phi

Bụi từ sa mạc Sahara chuyển động xung quanh Nam bán cầu của dải cận nhiệt đới di chuyển sang khu vực Caribe và Florida trong mùa nóng khi các dải cát bụi này được hình thành và di chuyển về phía bắc qua Đại Tây Dương cận nhiệt đới. Sự vận chuyển bụi toàn cầu cũng được góp phần từ các sa mạc Gobi và Taklamakan xuyên qua Triều Tiên, Nhật Bản và miền bắc Thái Bình Dương tới quần đảo Hawaii.[19] Kể từ năm 1970, các trận bùng nổ bụi càng trầm trọng thêm do các chu kỳ khô hạn tại châu Phi. Có một sự biến động lớn trong vận chuyển bụi vào khu vực Caribe và Florida từ năm này qua năm khác;[20] tuy nhiên, luồng bụi này là lớn hơn trong các pha tăng của Dao động Bắc Đại Tây Dương.[21] Các sự kiện liên quan tới bụi có liên hệ với sự suy giảm sức sống của các rạn san hô trong khu vực Caribe và Florida, chủ yếu từ thập niên 1970.[22] Các nghiên cứu chỉ ra rằng san hô có thể kết hợp bụi vào bộ xương của chúng như được nhận thấy từ bụi trong vụ phun trào năm 1883 của Krakatoa ở Indonesia trong các dải hình khuyên của san hô tạo đá ngầm Montastraea annularis trong dải đá ngầm Florida.[23] Sự phổ biến tương đối của các nguyên tố hóa học, cụ thể là các kim loại, được sử dụng để phân biệt các loại đất phát sinh từ bụi núi lửa với bụi khoáng.[24]

Phá hủy trên toàn thế giới

Các rạn san hô Đông Nam Á đang chịu nguy cơ bị tàn phá bởi các hoạt động đánh cá (chẳng hạn như đánh cá bằng thuốc nổ và đánh cá bằng xyanua), đánh cá quá mức, trầm tích, ô nhiễm, và bạc màu. Một loạt các hoạt động đa dạng, trong đó có giáo dục, điều tiết, và thiết lập các khu bảo tồn biển đang được thực hiện để bảo vệ các rạn san hô này. Ví dụ, tại Indonesia, các rạn san hô có diện tích gần 33.000 dặm vuông. Vùng biển của nước này là nơi trú ngụ của một phần ba tổng lượng san hô và một phần tư các loài cá của cả thế giới. Các rạn san hô của Indonesia nằm ở trung tâm của Tam giác San Hô và đã là nạn nhân của các kiểu đánh cá hủy diệt, du lịch không có điều tiết, và sự bạc màu do thay đổi khí hậu. Dữ liệu từ 414 trạm quan sát rải khắp Indonesia năm 2000 cho biết rằng chỉ 6% các rạn san hô của nước này ở tình trạng rất tốt, 24% ở tình trạng tốt, và khoảng 70% ở tình trạng từ tồi đến tạm được (Đại học Johns Hopkins, 2003).

Ngày 24 tháng 9 năm 2007, Reef Check (tổ chức bảo tồn san hô lớn nhất thế giới) tuyên bố rằng chỉ có 5% trong số 27.000 km² san hô của Philippines là ở "tình trạng rất tốt": Rạn Tubbataha, Marine Park ở Palawan, Đảo Apo ở Negros Oriental, Rạn Apo ở Puerto Galera, Mindoro, và Đảo Verde ngoài khơi Batangas. Philippines là nước có nhiều rạn san hô thứ hai ở châu Á.[25]

Việt Nam nằm trong vùng đa dạng san hô lớn nhất thế giới, có điều kiện tự nhiên nói chung là thuận lợi cho sự phát triển của san hô tạo rạn. Tuy nhiên, chín phần mười trong số hơn 1000 km2 rạn san hô ở Việt Nam đang ở tình trạng nguy cấp. 96% san hô bị đe dọa, trong đó 75% bị đe dọa nghiêm trọng và rất nghiêm trọng. Năm 1985, san hô có mặt ở hầu khắp các vùng ven đảo ở vịnh Hạ Long. Đến năm 1998, diện tích san hô chỉ còn 2/3 so với năm 1985. Một khảo sát vào tháng 6 năm 2006 cho thấy hầu như không còn san hô tại các vịnh Hạ Long và Bái Tử Long. Đi cùng với sự suy thoái của san hô trong vùng là sự vắng bóng của các loài hải sản quý và sự suy giảm sản lượng đánh bắt thủy sản nói chung.[26]

Các ước tính chung cho thấy khoảng 10% các rạn san hô trên thế giới đã chết.[27][28]